ポケモン不思議のダンジョン 時の探検隊・闇の探検隊

2007年9月13日にニンテンドーDS用ソフトとして登場した。
『ポケモン不思議のダンジョン 時の探検隊』（ポケモンふしぎのダンジョン ときのたんけんたい）と『ポケモン不思議のダンジョン 闇の探検隊』（ポケモンふしぎのダンジョン やみのたんけんたい）の２種類がある。

出てくるポケモンの数は490匹以上と言われる。時と闇の違いは、登場するポケモンと道具が違う。